Х-свързаната хипофосфатемия се унаследява по Х-свързан начин. Тъй като генът, отговорен за заболяването, е в X хромозомата, неговият модел на унаследяване се влияе от пола. Жените имат две X хромозоми, докато мъжете имат една X хромозома и една Y хромозома. Мъжете наследяват една от двете X хромозоми на майка си и Y хромозомата на баща си. Жените наследяват една от двете Х хромозоми на майка си и Х хромозомата на баща си.
Засегнатият с Х-свързана мутация мъж предава патогенния вариант на всичките си дъщери и на нито един от синовете си. Когато една майка има Х-свързана мутация (мутация на една от двете й Х хромозоми), всяко от нейните деца, независимо дали е от мъжки или женски пол, има 50% риск да наследи мутацията. Генната мутация, свързана с Х-свързана хипофосфатемия, в редки случаи може да възникне спонтанно (de novo мутация), без да се наследява от нито един от родителите. В около 20% от случаите, XLH се развива без фамилна анамнеза.
